Việc phân biệt giữa các loại đá quý khác nhau với nhau và giữa đá quý với các đá thay thế là tương đối dễ dàng do chúng có các tính chất vật lý (tỷ trọng, độ cứng, các tính chất quang học…) khác hẳn nhau. Trong khi đó việc phân biệt đá quý tự nhiên với đá quý tổng hợp lại phức tạp hơn rất nhiều, vì chúng đều cùng là một chất, có thành phần hóa học, cấu trúc tinh thể  và các tính chất vật lý nói chung là giống hệt nhau. Khác biệt duy nhất mà các nhà ngọc học có thể sử dụng để phân biệt đá quý tự nhiên và đá tổng hợp là các di tích của môi trường thành tạo để lại trong chúng. Môi trường sinh ra đá quý tự nhiên là lòng đất với các điều kiện nhiệt độ, áp suất và nồng độ khác hẳn với môi trường sinh ra đá quý tổng hợp. Hơn nữa, các dấu hiệu này hầu hết đều mang tính mô tả định tính, đòi hỏi người làm công tác giám định phải tích lũy kinh nghiệm nhiều năm. Các dấu hiệu này có tên gọi là đặc điểm bên trong, bao gồm: các dấu hiệu sinh trưởng (đường sinh trưởng, đới sinh trưởng, song tính) và các bao thể 

Cho đến nay, chỉ có một số không nhiều các loại đá quý được con người tổng hợp (bằng các phương pháp khác nhau), trong đó đáng quan tâm nhất là corindon (ruby, saphir), kim cương, alexandrit, emerald, spinel và opal.

Dấu hiệu phân biệt corindon tổng hợp bằng các phương pháp khác nhau