Màu sắc của đá quý liên quan chặt chẽ với một tính chất quang học khác của đá quý đó là độ trong suốt. Độ trong suốt là khái niệm chỉ độ truyền ánh sáng qua viên đá. Theo tính chất này, đá quý được chia thành các nhóm:

Trong suốt (thấu quang): có thể nhìn rõ một vật qua viên đá. Ví dụ như topaz, aquamarine, thạch anh pha lê,…

Bán trong suốt: vẫn nhìn thấy một vật qua viên đá, nhưng ảnh của nó bị nhòa.

Mờ: không thể nhìn thấy vật qua viên đá, mặt dù nó vẫn cho một phần ánh sáng có thể đi qua, như chrysopras, ngọc phỉ thúy…

Nửa mờ: một phần ánh sáng có thể đi qua phần rìa viên đá (đá mặt trời, aventurine).

Đục (không thấu quang): không cho một tí ánh sáng nào đi qua (ngọc bích, lazurite, malachit…)